Подготовка высококвалифицированных научных кадров является одной из основных задач Института. Только своевременное пополнение коллектива молодыми талантливыми людьми обеспечивает непрерывную эффективность научных исследований. При этом наилучший результат в обучении достигается при непосредственном взаимодействии молодого человека с ведущими учёными в процессе совместного решения актуальной научно-исследовательской задачи.
В результате приобретения уникального опыта научных исследований в целом ряде передовых направлений современной науки в Институте сложились широко известные в мире научные школы, участие в которых даёт возможность молодому человеку наиболее быстро войти в команду передовых исследователей природы и при наличии способностей быстро вырасти до высокого международного уровня.
Две научные школы Института признаны ведущими научными школами России. Научные школы принимают участие в конкурсах и получают гранты на проведение научных исследований.
В Институте созданы возможности широкого участия молодых исследователей в российских и международных научных конференциях, российских и международных научных школах, возможности стажировки и работы в российских и международных научных коллаборациях.
Для организации подготовки высококвалифицированных научных кадров в Институте создан Научно-образовательный центр, в который входит профильная кафедра Московского физико-технического института "Фундаментальные взаимодействия и космология", профильные кафедры Московского государственного университета им.М.В.Ломоносова, аспирантура ИЯИ РАН, совместные научно-исследовательские лаборатории с Кабардино-Балкарским государственным университетом им.Х.М.Хабербекова и Ростовским государственным университетом, поддерживается тесный контакт с Московским инженерно-физическим институтом, Иркутским государственным университетом, другими институтами и научными центрами.
Большинство ведущих учёных Института читают лекции и ведут практические занятия со студентами как в вузах, так и непосредственно в нашем Институте. Для лекций и занятий студентов выделены и отремонтированы специальные аудитории, приобретено современное лекционное оборудование, созданы компьютеризированные рабочие места, предоставлена возможность пользоваться электронными средствами связи и сетью Интернет.
Студенты и аспиранты участвуют в ежегодной молодёжной школе, проводимой на базе Баксанской нейтринной обсерватории Института, а также школе-семинаре молодых учёных "Фундаментальные взамодействия и космология" в Москве.
Студенты и аспиранты Института имеют возможность участвовать в научных исследованиях, проводимых в Институте, работая в качестве стажёров-исследователей или инженеров.
Для стимулирования активности научной работы молодых людей в Институте учреждены повышенные стипендии имени выдающихся учёных для студентов и аспирантов. Лучшие работы молодых исследователей регулярно представляются на соискание различных премий и грантов.
Существенную помощь в подготовке кадров оказывает целевая программа РАН "Поддержка молодых учёных". Молодые учёные Института принимают участие в конкурсах; некоторые из них получили награду "Золотая медаль РАН с премией для молодых учёных", гранты фондов "Содействие отечественной науке", "Династия" и др.
В аспирантуру Института ежегодно поступат 4 - 5 человек. Из окончивших аспиратуру большинство остаётся работать в Институте.
В Институте действует Совет по защите диссертаций, в котором многие из окончивших аспирантуру защитили диссертации на звание кандидата наук, а некоторые стали докторами наук.
Признание роста квалификации и научных заслуг сотрудников Института реализуется в присвоении им званий профессора, избрания в члены-корреспонденты и действительные члены Российской академии наук, присвоении почётных званий "Заслуженный деятель науки", прнестижных премий РАН, Государственной премии и Премии правительства, высоких российских и международных научных премий, награждение орденами и другими знаками отличия. Ведущих учёных Института часто приглашают прочесть курс лекций или сделать доклад на конференции, их охотно принимают в различные международные коллаборации, избирают в международные научные руководящие органы, оргкомитеты конференций и т.п.
Учёные и руководство Института прикладывают максимальные усилия для подготовки высококвалифицированных научных кадров и закреплению их в Институте, и надеются на успешное решение этой задачи, если будет продвинуто решение проблем с повышением зарплаты и обеспечения жильём молодых учёных, своевременной модернизацией материальной базы научных исследований .
При этом, конечно, нужно решать вопрос с повышением уровня доходов всех категорий учёных и инженеров-исследователей относительно среднего уровня доходов населения, а также с повышением престижа науки и учёных как одной из основных созидающих сил общества.