За выдающуюся научную деятельность учёные Института в последние годы получили целый ряд наград и поощрений, среди них:

Золотая медаль Российской академии наук имени Д.В.Скобельцина, Премии Российской академии наук имени П.А.Черенкова, А.А.Фридмана (2 человека), В.И.Векслера - 2, Медали РАН с премией для молодых учёных – 3, Премии ИЯИ РАН имени академика М.А.Маркова – 7, Международные премии им.Б.М.Понтекорво – 3, Премия ИТЭФ им.И.Я.Померанчука, Премия имени М.В.Ломоносова МГУ, Премия Объёдинённого института ядерных исследований имени академика Н.Н.Боголюбова, медаль O’Ceallaigh международного союза IUPAP,

Премия Правительства Российской Федерации в области науки и техники (7 человек), Государственная премия Российской Федерации в области науки и техники (8 человек), Орден Дружбы, Знак Губернатора Московской области «Благодарю»,

Звание «Заслуженный деятель науки Российской Федерации» - 4, «Заслуженный деятель науки и техники Московской области» - 1, «Заслуженный профессор МГУ» - 4, «Почётный гражданин города Троицка» – 3;

избраны: в действительные члены Российской академии наук – 1, в члены-корреспонденты РАН – 3, Председателем Троицкого научного центра РАН – 1, членом комиссии Космические лучи Международного союза чистой и прикладной физики–1, членом Президиума РАН – 1.