В городе Троицке сооружён самый мощный в мире ускоритель протонов и отрицательных ионов водорода, позволяющий вести исследования по фундаментальной ядерной физике и по прикладным задачам: нейтронному анализу вещества при сверхвысоких давлениях (как в мантии Земли), исследованию стойкости первой стенки термоядерного реактора, стойкости оборудования при длительном космическом путешествии к Марсу, мгновенному уничтожению патологических опухолей, производству диагностических и терапевтических радиоизотопов и т.п. Разработанное оборудование котроля качества пучка и инжекторы частиц используются во многих ускорительных центрах мира.

На созданной в Троицке установке по измерению массы электронного антинейтрино было получено лучшее в мире ограничение на величину массы нейтрино, которое оставалось рекордным в течении 15 лет.

В Баксанской нейтринной обсерватории на созданных детекторах ведётся мониторинг космических излучений, в том числе, в условиях низкофоновых подземных лабораторий и с использованием искусственных источников нейтрино, как для решения фундаментальных задач физики частиц и гравитации, так и прикладных задач геофизики и биологии.

Научные школы теоретической и экспериментальной физики, выросшие в Институте, стали широко известны и признаны в мировой науке.

Достигнутые успехи учёных Института нашли своё общественное признание: 6 человек были избраны действительнвми членами Российской академии наук, 6 - членами-корреспондентами, троим присвоено почётное звание "Заслуженный деятель науки", многие удостоены государственных и международных наград и премий.