Среднесписочная численность Института на начало 2007 года – 1130 человек, из них исследователей 520, инженерно-технических и других работников 610.
Распределение работников по региональным подразделениям: центральная часть (Москва) – 230 человек, подразделения в Троицке (Московская область) – 640, Баксанская нейтринная обсерватория (Северный Кавказ) – 245, Байкальская нейтринная обсерватория (оз.Байкал) – 8, Артёмовская научная станция (г.Соледар, Украина) – 7.
Научных сотрудников – 266 человек, в том числе , 48 докторов наук и 166 кандидатов наук.
Среди них 5 профессоров, 4 заслуженных деятеля науки Российской Федерации, 4 лауреата Ленинских и 4 лауреата Государственных премий, 7 лауреатов премии Правительства РФ.
Наличие такого высококвалифицированного научного персонала позволяет Институту успешно решать на мировом уровне фундаментальные проблемы современной физики.
В аспирантуру ИЯИ РАН принимается 5-7 человек ежегодно. Большая часть окончивших аспирантуру остаётся работать в Институте.
Институт прилагает много усилий для решения жизненно важной проблемы старения научных и инженерных кадров, потери научных работников среднего возраста вследствие конкуренции с более высокодоходными возможностями работы вне Института, в том числе за границей. Инженерно-технические службы, обеспечивающие работу уникальных научно-исследовательских установок Института, требуют существенного пополнения высококвалифицированными кадрами.