В Институте сооружены, действуют и развиваются уникальные научно-исследовательские установки мирового класса, среди которых можно отметить следующие:

Сильноточный линейный ускоритель протонов и отрицательных ионов водорода,

Экспериментальный комплекс Московской мезонной фабрики,

Комплекс нейтронных исследований,

Радиоизотопный комплекс,

Установка по поиску массы покоя электронного антинейтрино ТРОИЦК-НЮ–МАСС,

Галлий-германиевый детектор солнечных нейтрино,

Баксанский подземный сцинтилляционный телескоп БПСТ и нагорная установка АНДЫРЧИ,

Комплекс наземных установок Баксанской нейтринной обсерватории КОВЁР и

Подземные низкофоновые лаборатории,

Глубоководный нейтринный телескоп НТ-200+ на озере Байкал,

Российско–итальянский подземный нейтринный телескоп LVD (Гран Сассо) и

подземная установка КОЛЛАПС (Украина),

установка для исследования редких распадов ИСТРА+ (эксплуатируется совместно с ИФВЭ и ОИЯИ) и др.

Установки ИЯИ РАН используются для проведения фундаментальных исследований на переднем крае современной науки (физика ядра, частиц, астрофизика) и прикладных исследований в приоритетных направлениях развития науки и техники (мониторинг природных потоков частиц, прогноз землетрясений, механизм молний, биозагрязнение воды, радиационная стойкость, тонкая очистка веществ, медицинские и биологические исследования и др.).

Работы ведутся в сотрудничестве с учёными различных институтов России и в международных коллаборациях, установки открыты для любых предложений сотрудничества по соответствующей тематике.